En muchas ocasiones me ha sucedido, igual que a muchos compañeros, que hemos tenido que instalar de cero una distribución GNU/Linux con la problemática de tener que instalar todos los paquetes que tenías anteriormente. Por lo general tengo que recurrir a un papel y bolí, antes de realizar la instalación, para apuntar todos los paquetes más importantes que tengo para que así no se me olvide ninguno.
Para evitar esto, existe una opción en el programa dpkg que te indique los paquetes instalados, de modo que podemos crear un backup con esta información.
dpkg --get-selections > backup.txt
La salida generada tiene todos los paquetes instalados, que suelen ser muchísimos. Aunque puede ser muy engorroso, pero te aseguras que no se te olvida ninguno.